法律上，举证责任在作出处罚的机关；实务上，证据在谁手里，谁就承受不利后果。 这两句话都对，只是各说了一半。本文把两条线分开讲。
行政处罚的举证责任在作出处罚的机关，被检查的纳税人没有自证清白的义务；但配合检查是法定义务，且涉税事实的证据大多在纳税人自己手上。 所以正确的问题不是「我要不要自证清白」，而是「我手上这些东西，能不能把业务说清楚」。
两条线交叉的结果是：法律上没有义务自证清白，但实务中拿不出材料的一方会承受不利的后果。所以这个问题不能只回答「举证责任在税务机关」。
《税收征收管理法》第五十四条列举了税务机关的检查职权，包括检查账簿资料、实地检查、责成提供资料、询问、查验托运邮寄等。 第五十六条规定，纳税人、扣缴义务人必须接受税务机关依法进行的税务检查，如实反映情况、提供有关资料，不得拒绝、隐瞒。
但这条义务的边界是：它要求提供资料和如实回答，不是作出对自己不利的法律定性。 「凭证在这里」是提供资料；「我承认构成偷税」是法律定性，不属于配合义务的范围。
这是分析判断，不是结论：实务中最常见的不利局面，不是某份材料没交，而是在沟通或者笔录中把事实描述和定性表述裹在一起说出来，事后再拆分就很困难。
《税收征收管理法》第六十三条规定：纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入， 或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。 对偷税的，由税务机关追缴税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
这一条包含一个行为要件和一个结果要件。行为要件是列举情形，结果要件是不缴或者少缴应纳税款，两者都需要证据支撑，而主张这个结论的一方是税务机关。 罚款幅度本身也是需要说明理由的裁量事项——为什么取这个比例、参考了哪些情节，可要求说明。
《税务稽查案件办理程序规定》第四十条规定，应当充分听取当事人的陈述、申辩意见；经复核，当事人提出的事实、理由或者证据成立的，应当采纳。陈述申辩须落到具体的事实、理由与证据上。
同规定第二十三条要求，收集、提取电子数据应当制作现场笔录，注明来源、事由、证明目的或者对象，提取的时间、地点、方法、过程，原始存储介质的存放地点及签封情况；压缩的应当注明压缩方法和完整性校验值。提出具体的核对问题，通常比笼统主张「程序违法」更有可能得到实质回应。
以上属分析判断，非结果承诺。
不能。举证责任的分配和配合义务是两件事：前者不要求自证清白，后者要求如实提供与回答。
材料散落会削弱证明力。同一件事的材料宜成组呈现，并附说明相互关系的清单。
事实层：提供资料、如实回答。定性层：说明构成要件为何不成立。程序层：对取证过程提出核对。三层分开讲，不在一次沟通里混着讲。